Wszystkie stypendia wypłacone uczestnikom projektów z Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki są zwolnione z podatku dochodowego, ponieważ są współfinansowane ze środków europejskich. Tymczasem świadczenia tego typu finansowane z pieniędzy krajowych takiemu zwolnieniu już nie podlegają. To powoduje różnice w wynagrodzeniu stażystów, nawet wtedy, gdy są kierowani na staż przez ten sam podmiot.